Introducció a la Biocomputació


Per a poder començar a parlar de biocomputació crec que abans hauríem de tenir clars tota una sèrie de conceptes que ens seran molt útils per a poder comprendre més endavant tota la temàtica de l'assignatura. En l'apartat de Truks trobareu coses que possiblement us seran molt útils més endavant

TOC (Table of Contents):


Des que el 1981 l'empresa IBM va llançar el primer ordinador personal, al qual va anomenar "Personal Computer", aquests han envaït les nostres cases i treballs, podem dir tranquilament que han canviat la nostra vida; però des de llavors fins ara les coses han canviat moltíssim.

Els ordinadors tenen quatre dispositius diferents (tant els actuals ultramoderns com el primitiu ENIAK) : dispositiu d'entrada d'informació (per exemple el teclat) de sortida (pantalla, impresora, ploter, ...) d'emmagatzematge (disket, Disc Dur, CDROM, ...) i de processament (CPU(unitat central de procès), Targeta de video, d'audio, ...). Per a que les dades que nosaltres entrem puguin ésser processades i enteses per l'ordinador, són necessaris uns programes que permeten la "comunicació" entre la màquina i l'usuari, són el que s'han anomenat Sistemes Operatius (S.O.).

Cada Sistema té una manera diferent de processar la informació, cada un està preparat per funcionar només amb unes màquines determinades (l'MS_DOS i OS/2 només funcionen amb una CPU que usi els codis de Intel (PC).I Macintosh només funciona amb una Motorola (Mac)) però alguns sistemes tenen diferentes versions per a cada màquina, així UNIX té versions per a funcionar sota Intel, sota Motorola i molts més.

Per explicar-ho clarament podem dir que el sistema operatiu és el programa, la funció del qual, és només entendre el que diuen els altres programes i traduir-li al ordinador.

Avui en dia en trobem molts, cada un amb els seus avantatges i inconvenients:

Fins aquí els sistemes de nivell usuari, ara parlarem una mica sobre els sistemes de servidors i que no solem trobar a les nostres cases, tots són multitasca (poden realitzar varies feines alhora) i multiusuari (permeten diverses persones conectades al mateix temps):


  • Què carai és això d'Internet? (vida i miracles)
  • Actualment Internet ens ha obert un món que fins fa poc no sabiem que existia, ara podem exposar, comentar i contrastar opinions amb gent de altres cultures i d'altres llocs que sense aquest "miracle" de les comunicacions no haguéssim pogut descobrir mai abans.

    Internet va ser creada ja fa uns quants anys, però de segur que quan es va fer mai ningú no va pensar que arrivaria als punts on ha arribat.

    La idea era tenir tota una serie d'ordinadors, els quals ens oferissin cada un d'ells un gran ventall de seveis, que estiguessin conectats entre si de manera que des de casa nostra poguessim accedir al que volguessim, tenint molts camins diferents per arrivar-hi.

    Posteriorment es van anar desenvolupant cada un d'aquests serveis (Correu electronic, FTP, IRC, News, Telnet i fa poc el World Wide Web) cada un d'ells amb una utilitat diferent. Passem a explicar-los breument tot seguit:

    E-MAIL: És el correu electrònic, possiblement el servei d'Internet més utilitzat de tots els que hi han. Consisteix en tota una sèrie d'apartats de correu electronics (memòria de un disc dur assignada al nostre ús exclusiu) on cada usuari deixa les seves cartes i on el programa gestor hi deix les que arriven per a ell, al mateix temps que envia les seves a la direcció que té assignada cada carta. Té l'avantatge que enviar una carta a l'altra punta del món és tan ràpid com enviar-la al costat de casa (sol tardar de dos a tres dies en arrivar, o molt menys, depenent de la proximitat), t'estalvies tota la feina de comprar el sobre, els segells, llençar la carta a la bústia, retards de correus i altres problemes administratius.

    FTP: Protocol de transferència de fitxers, serveix per agafar qualsevol fitxer de qualsevol ordinador conectat a la xarxa, i amb l'FTP podem portar amb pocs minuts cap a la nostra màquina l'últim antivirus, conseguir les ultimes fotos del Hubel, una "Demo" d'aquell joc que sembla tan bo i que ningú no té o qualsevol programa de lliure difusió que hagi sortit o existit mai.

    IRC: La "party line" informàtica, una mena de tertulia per ordinador. Quan entrem en aquest servei podem escollir diferents línies (n'hi ha tantes que és impossible contar-les ja que continuament se'n creen de noves) on a cada una de les quals és parla sobra un tema diferent, d'una manera tan àmplia com poden ser cultura, espectacles, religió, llengues, etc; fins a una tan especialitzada com les diferents activitats realitzades, durant el cap de setmana passat, per cada un dels contertulis, els vampirs de l'area metropolitana de Nova York, etc. Encara que molta gent la considera més que res per perdre el temps es pot parlar amb molta gent i sempre es poden apendre coses interessants; com anècdota cal dir que gràcies a això tot el món estava informat "en viu i en directe" del que passava a Moscú quan i va haver el cop d'estat que va marcar la fi de la Unió Soviètica. També existeix la versió personal on nomes parlen dues persones, i s'anomena Talk.

    NEWS: És un sistema molt relacionat amb el correu electronic. Vindria a ser tot un conjunt de bústies on tothom hi pot deixar i llegir-ne cartes, però cada una d'elles té un tema específic, que igual que l'IRC poden ser molt àmplies o molt especifíques, per exemple: medicina, llibres, esports o les possibles mutacions cromosòmiques de la mosca del vinagre, Isaac Assimov, Ben Johnson, etc. Es molt util per a Biolegs donat la quantitat de areas dedicades a la biologia que hi ha.

    TELNET: La gran xarxa de terminals. Amb el telnet podem utilitzar el nostre ordinador personal com un terminal de qualsevol computadora conectada a la xarxa, amb ell podem conectar-nos a l'ordinador de la nostra biblioteca i averiguar des de casa si tenen el llibre que ens fa falta, jugar en un MUD (Joc de Rol a través d'Internet), consultar el nostre conte bancari o posar-nos amb contacte amb una gran quantitat de bases de dades biologiques que es troven conectades amb aqust servei.

    GOPHER: Actualment quasi bé ja ha desaparegut, es basa en una estructuració geràrquica de la informació de manera que comences a buscar per en un tema general i acaves aprofundint fins allà on exactament vols anar a parar. Les seves eines de busqueda s' anomenen "veròniques", cercant la informació desitjada en el gopherespai, la qual cosa vindria a ser una xarxa composada només per gophers. Pero com ja he cometat està molt en desús degut al progresiu trasllat cap a la web. La majoria de veroniques estan tancades i el gopherespai és cada vegada més reduit, pero no penseu que la informació s'ha perdut, doncs tots els que han tancat és perque han estat substituides per Webs.

    El WEB (Wolrd Wide Web) : Teranyina d'Abast Mundial. És el més conegut de tots (fins al punt de que molta gent es pensa que el WEB és tot Internet, de fet aixo que mireu ara es una pàgina de WEB). Té un format molt interactiu, que li permet mostrar textes, imatges i so a la mateixa plana, de tal manera que pitjant sobra un dibuix o sobra una paraula, escrita amb un color diferent, canvies de pagina, veus la imatge ampliada o el video; escoltes la cançó, etc. Dissenyat per programadors del CERN de Ginebra, ha fet que Internet es popularitzés de la manera que ho ha fet, gràcies al seu atractiu disseny. Actualment totes les universistats importants tenen servidors de WEB, on s'hi exposen tots els serveis que ofereixen. En el camp de la ciències biològiques s'estan desenvolupant molts WEB's on hi podem trobar de tot, des de la Base de dades mundial sobre el genoma humà, fins a fotos reals, passades per escaner, de una persona tallada a trossos de un mm de espessor.

    La revolució acaba de començar. Els nous sistemes de comunicació i les tecnologies digitals ja han realitzat grans canvis a la nostra manera de viure. Coses que ara són nomès rutina, haurien estat considerades impossibles fa tan sols 10 anys. Podem consultar el fons bibliogràfic de la biblioteca de la cantonada o de l'altra punta del món, nomès amb un ordinador i un modem.

    Les noves tecnologies estan fent que apareguin millors ordinadors i sistemes digitals, com la Xarxa de fibra de vidre. La Xarxa, amb la seva gran col.lecció de bases de dades i altres fonts d'informació, ja no és nomès per a països desenvolupats; actualment s'extèn des de Siberia a Zimbabwe. Tanmateix, el preu dels ordinadors i dels modems utilitzats per conectar-se va baixant continuament, i cada cop n'apareixen de més ràpids.

    El Cyberespai ha esdevingut una part vital de la vida diària de milions de persones. La gent es relaciona "on-line", es coneixen, s'enamoren, es casen, tot gràcies als contactes inicials al cyberespai. Moviment politics i socials que comencen "on-line", coordinats per una persona que pot ser a milers de quilòmetres. El Cyberespai, aquest espai "a-espaial", que està per sobre de fronteres nacionals o continentals. Fins i tot podriem dir que el Cyberespai és el sisè continent.

    Tot i això, nomès som al principi.

    Vivim en l'època de les comunicacions. Aviat tindrem, potser, el telèfon, la televisió, el fax i l'ordinador personal, reemplaçats per un "processador d'informació", conectat a la Xarxa.

    Com podrà passar tot això? En part, vindrà de les noves tecnologies. La Televisió d'alta resolució necessitarà ordinadors que puguin processar molta més informació que les simples estacions de treball. Això també imposarà la xarxa de cable de fibra òptica. Molts governs, com el Nordamericà, donen suport al desenvolupament d'aquestes noves tecnologies.

    Tot i això, encara queda molt per fer. Per cada base de dades que hi ha a la Xarxa, n'hi han tres o quatre que no hi són. A Estats Units, molts del departaments estatals estan posant informació a la Xarxa. Molts comerços, des de llibreries a restaurants, passant per diaris i revistes, ja s'han fet accesibles des de la Xarxa.


    De segur que després d'haver llegit tot això us han vingut al cap moltes idees i possibles aplicacions d'això a la nostra ciència, doncs bé, són poques, les possibilitats que tot aquest món ens ofereix són pràcticament inimaginables, de fet les que trobareu aquí són només una petita mostra.

    La potència dels nous ordinadors ha permès realitzar models matemàtics de plegament de proteïnes, prediccions d'estructura 3D, comparacions de seqüències enormes, crear bases de dades gegantines, etc. Tot això requereix una capacitat de càlcul molt gran, per la qual cosa podem dir tranquilament que la biologia està avançant al ritme de la informàtica.

    Però a més la millora de les comunicacions i sobretot INTERNET ha permès la difusió de tots els coneixements de manera que podem accedir a les bases de dades: d'articles i publicacions, de seqüències, de predicció, etc. des de casa nostra o des de la universitat

     


     Introducció

    Tema 2

     Tema 3

    Tema 4

    Tema5i6

     Tema 7

      Presentació

     Buscadors

      Truks :)

      Aprofitant...
     Gracies a  Software