Tema 4:Analisis de seqüències II


Comparacions múltiples

En les comparacions múltiples realitzem un anàlisis de les seqüències de una manera similar a com ho feiem en el capitol anterior, però amb més de dues sequències; de tal manera que primer les comparem una a una fins a conseguir un aligniament de dues seqüències amb puntuació màxima i llavors comparem aquestes dues, agafant-les com una de sola, amb les altres, aqui podeu veure un esquema gràfic per ajudar a comprendre millor això.

  • Paràmetres
  • que intervenen a l'hora d'assignar les puntuacions per decidir els millors aligniaments.
     

    1) Gap Open Penalty: La penalització per obrir un gap en un aliniament.
    2) Gap extension penalty: La penalització per extendre el gap en un residu.
    3) Protein weight matrix: Taula de puntuació que descriu la similitud de cada amino àcid amb l'altre
    4) DNA weight matrix: Les puntuacions assignades a les igualtats i desigualtats.

  • Programes:
  • Clustal W
  • La funció d'aquest programa és ,donades vàries seqüències, comparar-les i realitzar l'aliniament òptim, suministrar-nos un arbre evolutiu "dessarrelat" (aquell en el qual veus una relació de proximitat entre les espècies, pero sensa comprometres en quina es separa avants de la resta) que podem veure amb un visualitzador anomenat TreeView.

    Cal dir que el ClustalW ha estat l'unic programa per a fer comparacions múltiples que hem usat a pràctiques, tant a través del WWW com del GCG

    Help

    Clustal W via web a França Clustal W via web al EBI

    MultAlin És un altre programa amb una funció semblant al ClustalW

     


  • Dominis i Motius
  • ProtDom Compilació automàtica de dominis homòlegs detectats al Swissprot. Permet fer recerques d´homologia i obtenir documents del Swiss.

    Prosite Mètode per detectar quines és la funció de proteïnes no caracteritzades, nitjançant la cerca de seqüències ja existents, per autor, descripció, nom d'accès, citació, etc.


  • Estructura secundària
  • PredictProtein

    Mètodes i links Un llistat complet de "sites" i programes que ens ajudaran a predir l'estructura secundària d'una proteïna.


  • Plegaments o predicció d'estructura terciària
  • TOPITS Doncs això, predicció d'estructura terciaria (per aquells que no ho sàpiguen: la predicció no és molt bona, pero ajuda a comensar a treballar.)


     Introducció

    Tema 2

     Tema 3

    Tema 4

    Tema5i6

     Tema 7

      Presentació

     Buscadors

      Truks :)

      Aprofitant...
     Gracies a  Software