En construir-se l'església actual al S. XVII, de dimensions més grans i en ocasió de l'ampliació del 1734 per la Confraria de Preveres de la Catedral amb dues naus laterals, es va enderrocar la primitiva romànica, però les restes dels fonamens quedaren enterrats sota del paviment.
Durant la Guerra del Francès fou destinada a magatzem i restaurada el 1817.
En dissoldre's la Congregació de Preveres va passar a l'Arquebisbat.
Fou molt malmesa altra vegada durant la Guerra Civil i restaurada posteriorment, fins que fou cedida a la Germandat de Jesús Natzarè i s'instal·lan els passos utilitzats per la processó de Setmana Santa.