Al construirse la iglesia actual del S. XVII, de dimensiones más grandes y en ocasión de la ampliación del 1734 por la Confradía de Presbíteros de la Catedral con dos naves laterales, se derribó la primitiva románica, pero los restos de los cimientos se quedaron debajo del pavimento.
Durante la Guerra del Francés fue destinada a almacén y restaurada en 1817.
Al disolverse la Congregación de Presbíteros pasó al Arzobispado.
Fue muy dañada otra vez durante la Guerra Civil y restaurada posteriormente, hasta que fue cedida a la Hermandad de Jesús Nazareno y se instalan los pasos utilizados por la procesión de Semana Santa.