Anàlisi de seqüències per similitud amb d'altres seqüències

        - Cerques a les bases de dades
        - Alineament de seqüències: per parelles o múltiple

Anàlisi de seqüències característiques propies

Sistemes de recerca i adquisició de seqüències

Sistemes integrats d'informació

Seqüències de DNA/RNA
Proteïnes
Estructura de proteïnes
Cites bibliogràfiques
Genomes
...

• European Bioinformatics Institute
  • EMBL al UK Completissima pàgina de l'European Bioinformatics Institute (comentada al capitol anterior)
    • Serveis al EBI
  • EMBnet al CNB (UAM)Plana de l'EBI situada al Centre Nacional de Biotecnologia a Madrit. Informació sobre el CNB, quins cursos i serveis ofereix, un llistat del software disponible pels seus usuaris (alguns com el GCG pagant). Tot i que està a Madrit cal dir que gran part és en englès
  • Sequence Retrieval System
    • SRSWWW al UK
    • SRSWWW al EMBnet/CNB

    L'SRS és un programa creat per a la recerca per paraules clau en els diferents arxius enmagatzemats a les DataBases de seqüències de DNA i Proteines (Embl, Swisprot...).

    L'aventatge d'aquest sistema és que podem definir-li si ha de buscar al titol, a l'identificatiu, a la refencia o a tot el text de manera no excluent.

  • Exemples
• National Center for Biotechnology Information
  • GenBank (USA) Igual que l'EMBL però a europa (també comentat al capito anterior)
    • Cerques al GenBank Index de les diferents cerques que es poden fer al GenBank
    • Entrez (Molecular Biology Database and Retrieval System) Com l'SRS del EMBL, però al GenBank.
  • Exemples
• SwissProt (Suïssa)
  • Cerques al Swiss
  • Exemples

  El SwissProt és una bases de dades situada a suissa, especialitzada en proteines, com ja he comentat abants és la que més s'ha usat en aquest curs en el que a proteines es refereix.

Cerques per similitud

Hi ha en les bases de dades alguna seqüència de DNA/Aminoàcids semblant a la meva seqüència ?

Per a comprovar això, els programes de recerca, els quals usen uns complicats algorismes matemàtics basats en diferents matrius, (de similitud i identitat) divideixen la nostra sequència en petits fragments i els van comparant amb tot el que troven a la base de dades, asignant una puntuació (score) de tal manera que a major similitud major puntuació i després fixant-se en això mostren les sequència amb més puntuació.

 

• Algorismes
  • Comaparacions per parelles d'aa: 210 parelles (190 diferents + 20 identics)
  • Matrius  amb scores
    • Matrius d'identitat
    • Matrius de similitud
      • PAM Percent Accepted Mutation
      • BLOSUM
• Algoritmes de recerca
  • BLAST
  • FASTA
  • Smith-Waterman

Fasta

• FASTA-HELP (del GCG)Només si teniu conta a l'embnet
• E-mail: fasta@ebi.ac.uk
  • Help (e-mail)
• Web: FASTA al UK
  • Exemples
• Altres recerques per similitud al EBI

El Fasta és un sistema de cerca per similitud que accepta gaps i força ràpid.

Blast

• BLAST-HELP (del NCBI)
  • Databases
  • Programs
• E-mail:  blast@ncbi.nlm.nih.gov
• Web:

BLAST (Basic Local Alignement Search Tool)

Advanced BLAST search

• Exemples
• Blast al SwissProt
• BLAST at EBI

El Blast és un sistema més lent, pero més eficas que el Fasta i tot hi que el Bàsic no admet gaps ( retorna la seqüència partida en els difernets trossos amb els quals ha trovat similitud) la nova verció si que els admet.

• Genetics Computer Group at de Wisconsin University
  • Breu descripció dels programes
  • GCG v9 La guia completa del GCG, però només hi podreu entrar si teniu una conta al embnet del CNB
  • Guide to GCG software És la guia no oficial (per tant no completa i gratuïta) del GCG.