L’observació d’embrions d’espècies properes reforça la idea de que els òrgans homòlegs provenen d’un tipus d’òrgan comú ja que els embrions es semblen molt a les primeres fases del desenvolupament, com es pot veure a la imatge de sota.

Molts embrions presenten òrgans que desprès desapareixen i no estan presents en l’adult. Un exemple són els arcs branquials. Els vertebrats terrestres no tenim branquies, però els nostres embrions presenten arcs branquials que després es transformen en altres estructures com en cartílags de la tràquea o en ossos de l'oïda mitjana.

A la imatge següent es poden observar en lila els arcs branquials de l'embrió de peix, de l'embrió de rèptil, de l'embrió d'au i de l'embrió d'humà.