Va néixer a Tarragona l'any 1810, al número 5 del carrer Merceria, fill d'una família de menestrals i comerciants. El seu pare, traslladà a Tarragona, des de Barcelona, el seu negoci de passamaneria.
On va néixer
Cursà humanitats al Seminari de Tarragona i a Llotja de Barcelona, estudià també a l'Escola de Dibuix de la plaça del Pallol.
L'any 1844 es creà la Comissió Provincial de Monuments amb la finalitat primera de protegir el patrimoni i es va fundar la Societat Arqueològica Tarraconense amb interès similar.
L'any 1845 en Bonaventura Hernández ingressà en la Societat Arqueològica i també fou nomenat soci de mèrit de la Societat Econòmica d'Amics del País.
El mes de març de 1850 va tenir lloc la troballa de l'anomenat sepulcre egipci, fet que el portà a difondre una sèrie d'informes a acadèmies espanyoles i europees. Després d'una important polèmica Hernández Sanahuja reconsiderà la seva cronologia i rectificà les opinions inicials.
L'any 1851 és nomenat responsable del Museu Arqueològic i més endavant, l'any 1853, l'Acadèmia de la Història, de la qual era membre des de 1851, el va designar Inspector d'Antigüitats.
El seu càrrec i la seva vàlua com a arqueòleg van fer possible la salvació de moltes troballes, tant a la Pedrera com en d'altres sectors. L'Hernández arqueòleg veia en l'anomenat mètode estratigràfic utilitzat pels geòlegs una forma efectiva d'estudiar les troballes.
Els treballs de restauració de l'aqüeducte de les Ferreres (1854 i 1856), fets per encàrrec de la Comissió de Monuments, li reportaren prestigi internacional.
L'any 1870 participà activament en les accions dutes a terme per part de la Comissió de Monuments i la Societat Arqueològica per tal d'evitar l'enderrocament de la muralla romana de Tarragona.
D'entre les seves obres podem destacar l'Indicador arqueológico de Tarragona (1867), Tarragona en poder de los árabes (1882), Opúsculos históricos, arquelógicos y monumentales (1884), El Pretorio de Augusto en Tarragona (1888), Historia de la antigua ciudad de Tarragona (1891) i el Catálogo del Museo Arqueológico de Tarragona (1894).
